Úvod Kapitola 1 Všeobecná mikrobiológia Kapitolu zostavila Adriána Liptáková 1.1 Zásady práce v mikrobiologickom laboratóriu, zásady odberu, spracovania a uchovávania materiálu pre mikrobiologickú diagnostiku 1.2 Klasifikácia baktérií 1.3 Tvar a štruktúra bakteriálnej bunky Tvar a usporiadanie bakteriálnych buniek Štruktúra a organizácia bakteriálnej bunky Vnútrobunkové štruktúry baktérií Bunková stena baktérií a štruktúry súvisiace s bunkovou stenou 1.4 Rast a metabolizmus mikroorganizmov Rast a množenie baktérií Bakteriálna výživa Rast baktérií v organizme hostiteľa a v laboratórnych podmienkach Využitie poznatkov o raste a metabolizme baktérií pri laboratórnej diagnostike infekčných chorôb 1.5 Genetika baktérií Genetická informácia Bakteriálny genóm Replikácia DNA Transkripcia a regulácia génovej expresie Translácia Horizontálny transfer génov 1.6 Vznik a priebeh bakteriálnej infekcie Zdroj infekcie Cesta prenosu a brána vstupu Výsledok interakcie baktérií a človeka Klinický priebeh infekčnej choroby Výskyt infekčných chorôb 1.7 Patogénnosť, faktory virulencie a patogenetické mechanizmy baktérií Prenos a vstup baktérií do organizmu Adhézia baktérií na povrchy hostiteľa a ich kolonizácia Unikanie baktérií pred obrannými mechanizmami hostiteľa Invázia a poškodenie štruktúr a funkcií organizmu hostiteľa baktériami Tvorba biofilmu Regulácia tvorby faktorov virulencie Význam štúdia faktorov virulencie pre diagnostiku, liečbu a prevenciu infekčných chorôb 1.8 Fenotypová adaptácia baktérií vo vonkajšom prostredí a v organizme človeka Environmentálny stres a baktérie Bakteriálny biofilm a odolnosť voči antibakteriálnym látkam Subpopulácie baktérií tvoriace drobné kolónie (SCV formy) Metabolicky neaktívne perzistujúce baktérie Fenotypová adaptácia a antibakteriálna terapia 1.9 Laboratórna diagnostika bakteriálnych ochorení 1.10 Antibakteriálna liečba Antibiotiká a chemoterapeutiká s antibakteriálnym účinkom Rozdelenia antibiotík podľa chemickej štruktúry a cieľového miesta zásahu v bakteriálnej bunke Rezistencia baktérií voči antibiotikám a antibakteriálnym chemoterapeutikám Antibiotiká používané v liečbe infekčných chorôb Antiseptiká a liečba infekčných chorôb Ďalšie prípravky vhodné na antibakteriálnu liečbu Imunomodulátory mikrobiálneho pôvodu (IMO) 1.11 Klasifikácia vírusov, štruktúra a replikácia Klasifikácia vírusov Štruktúra vírusov Vírusová replikácia 1.12 Patogenéza vírusových infekcií Interakcia vírusu s bunkou Interakcia vírusu s organizmom Obrana organizmu voči vírusovej infekcii Imunopatologické javy Epidemiologické aspekty patogenézy Prežívanie vírusu v populácii a kontrola infekcie 1.13 Laboratórna diagnostika vírusových ochorení Odber a transport biologického materiálu Priama diagnostika Nepriama diagnostika Diagnostický algoritmus Interpretácia výsledkov laboratórnych vyšetrení 1.14 Antivírusová liečba 1.14.1 Antivirotiká pre liečbu herpetických infekcií 1.14.2 Antivirotiká pre liečbu chrípky 1.14.3 Antivirotiká pre liečbu covid-19 1.14.4 Antivirotiká na liečbu niektorých iných infekcií 1.14.5 Liečba chronických vírusových hepatitíd 1.14.6 Antivirotiká na liečbu infekcie HIV 1.15 Klasifikácia medicínsky významných parazitov, štruktúra a replikácia 1.15.1 Medicínsky významné prvoky 1.15.2 Medicínsky významné helminty 1.16 Patogenéza parazitárnych infekcií 1.17 Laboratórna diagnostika parazitárnych ochorení 1.18 Antiparazitárna liečba 1.18.1 Antiprotozoiká 1.18.2 Antihelmintiká 1.19 Úvod do mykologie, obecné vlastnosti a morfologie hub, klasifikace medicínsky významných hub 1.19.1 Obecné vlastnosti medicínsky významných hub 1.19.2 Morfologie mikromycet 1.19.3 Klasifikace medicínsky významných hub 1.20 Medicínsky význam hub a patogeneze mykotických infekcí 1.20.1 Mykobiom 1.20.2 Houby a lidská onemocnění 1.20.3 Patogeneze mykóz a faktory virulence hub 1.21 Laboratórna diagnostika mykotických ochorení 1.21.1 Odbery klinického materiálu u mykotických ochorení 1.21.2 Diagnostika mykóz 1.22 Mykotoxikózy 1.22.1 Mykotoxíny 1.22.2 Akútne primárne mykotoxikózy 1.22.3 Chronické primárne mykotoxikózy 1.22.4 Sekundárne mykotoxikózy 1.22.5 Najvýznamnejšie mykotoxíny 1.23 Mykoalergie Prejavy alergie a jej liečba 1.24 Antimykotika 1.24.1 Obecná charakteristika antimykotik 1.24.2 Polyenová antimykotika 1.24.3 Azolová antimykotika 1.24.4 Echinokandiny 1.24.5 Antimetabolity 1.24.6 Antimykotika inhibující mitotické vřeténko 1.24.7 Allylaminová antimykotika 1.24.8 Další lokální antimykotika 1.24.9 Antimikrobiální terapie pneumocystózy Kapitola 2 Imunitný systém Kapitolu zostavil Milan BUC 2.1 Vlastnosti imunitného systému 2.1.1 Vlastnosti imunitnej odpovede 2.1.2 Morfológia imunitného systému 2.1.3 Bunky imunitného systému 2.1.4 Principiálne solubilné molekuly imunitného systému 2.1.5 HLA-komplex a povrchové molekuly leukocytov 2.1.6 Základné princípy adaptívnej imunitnej odpovede 2.2 Imunitná odpoveď na mikroorganizmy 2.2.1 Obrana proti extracelulárne parazitujúcim baktériám 2.2.2 Obrana proti intracelulárne parazitujúcim baktériám 2.2.3 Obrana proti vírusom 2.3 Aktívna a pasívna imunizácia 2.3.1 Vakcinácia 2.3.2 Vírusom podobné častice – VLP-vakcíny 2.3.3 Vektorové vakcíny 2.3.4 DNA-vakcíny 2.3.5 Vakcíny využívajúce mRNA 2.3.6 Adjuvanciá 2.3.7 Vakcinácia v detskom veku, starobe a pri imunosupresívnej liečbe 2.3.8 Pasívna imunizácia Kapitola 3 Špeciálna MIKROBIOLÓGIA Špeciálna bakteriológia Zostavila Lívia SLOBODNÍKOVÁ 3.1 Streptococcus Streptococcus pyogenes Streptococcus agalactiae Ostatné beta-hemolytické streptokoky Streptococcus pneumoniae Viridujúce streptokoky Laboratórna diagnostika streptokokových infekcií 3.2 Enterococcus 3.3 Staphylococcus a ďalšie aeróbne a fakultatívne anaeróbne grampozitívne koky Staphylococcus aureus Koaguláza-negatívne stafylokoky Laboratórna diagnostika chorôb stafylokokovej etiológie Terapia a prevencia chorôb stafylokokovej etiológie Ďalšie aeróbne a fakultatívne anaeróbne grampozitívne koky 3.4 Bacillus Bacillus anthracis Bacillus cereus Ďalšie druhy rodu Bacillus 3.5 Listéria a ďalšie grampozitívne paličky Listeria monocytogenes Erysipelothrix rhusiopathiae 3.6 Mycobacterium a príbuzné acidorezistentné baktérie Rod Mycobacterium Rod Nocardia Rod Rhodococcus Ostatné slabo acidorezistentné mikroorganizmy Niektoré príbuzné neacidorezistentné aktinobaktérie 3.7 Corynebacterium a Arcanobacterium Rod Corynebacterium Arcanobacterium haemolyticum 3.8 Neisseria a príbuzné rody – Eikenella, Kingella Rod Neisseria Eikenella corrodens Kingella kingae 3.9 Enterobacterales Rod Escherichia Rod Shigella Rod Salmonella Rod Yersinia Rod Klebsiella Rody Proteus, Morganella a Providentia Rody Enterobacter, Pantoea, Cronobacter, Serratia a Citrobacter Rod Plesiomonas 3.10 Vibrio a Aeromonas Rod Vibrio Rod Aeromonas 3.11 Haemophilus a príbuzné rody – ActinoBacillus, Aggregatibacter, Pasteurella Rod Haemophilus Rod Actinobacillus Rod Aggregatibacter Rod Pasteurella 3.12 Gramnegatívne nefermentujúce baktérie Rod Pseudomonas Rod Acinetobacter Rod Moraxella Stenotrophomonas maltophilia Rod Burkholderia Ďalšie rody gramnegatívnych nefermentujúcich paličiek 3.13 Gramnegatívne mikroaerofilné paličky – Campylobacterales Campylobacteraceae Helicobacteraceae 3.14 Kultivačne náročné gramnegatívne baktérie Rod Bordetella Rod Legionella Rod Cardiobacterium Rod Bartonella Rod Brucella Rod Francisella Kultivačne náročné baktérie, vyvolávajúce ochorenia človeka po uhryznutí zvieraťom 3.15 Anaeróbne baktérie Sporulujúce anaeróbne grampozitívne paličky – rod Clostridium a Clostridioides Nesporulujúce anaeróbne baktérie Laboratórna diagnostika anaeróbnych infekcií 3.16 Spirochéty – rod Treponema, Borrelia a Leptospira Rod Treponema Rod Borrelia a Borreliella Rod Leptospira 3.17 Mollicutes – Mycoplasma a Ureaplasma 3.18 Striktne intracelulárne baktérie – Rickettsia, Orientia, Coxiella, Ehrlichia a Anaplasma Rickettsia a Orientia Rod Coxiella Rody Ehrlichia a Anaplasma 3.19 Chlamydia 3.20 Cyanobacteria Špeciálna virológia Zostavila Adriána Liptáková 3.21 Papilomavírusy a polyomavírusy Polyomavírusy 3.22 Adenovírusy 3.23 Herpesvírusy Herpes simplex vírus 1 a 2 (HSV- 1 a HSV- 2) Varicella zoster vírus (VZV) Vírus Epsteina – Barrovej (EBV) Ľudský cytomegalovírus (CMV) Ľudský herpesvírus 6 a 7 (HHV-6, HHV-7) Ľudský herpesvírus 7 Ľudský herpesvírus 8 (HHV-8) 3.24 Poxvírusy 3.25 Parvovírusy 3.26 Pikornavírusy Enterovírusy Rhinovírusy 3.27 Koronavírusy a norovírusy Koronavírusy Norovírusy 3.28 Paramyxovírusy Paramyxoviridae 3.29 Orthomyxovírusy Infuenzavírus A 3.30 Rhabdovírusy Rod Lyssavírus Rod Vezikulovírus 3.31 Filovírusy a Bornavírusy Filovírusy Bornavírusy 3.32 Reovírusy Orthoreovírus Rotavírus Coltivírus Orbivírus 3.33 Togavírusy 3.34 Flavivírusy 3.35 Bunyavírusy a Arenavírusy Bunyaviridae Arenaviridae 3.36 Retrovírusy Lentivirinae Onkovirinae 3.37 Vírusy hepatitíd 3.38 Prióny Genetická forma Creutzfeldtovej – Jakobovej choroby Nový variant Creutzfeldtovej – Jakobovej choroby Špeciálna parazitológia Zostavil František Ondriska 3.39 Parazitické prvoky 3.39.1 Črevné a urogenitálne prvoky 3.39.2 Tkanivové a krvné prvoky 3.40 Platyhelminthes – ploskavce 3.40.1 Trematodes – motolice 3.40.2 Cestodes – pásomnice 3.41 Nematoda – hlístovce 3.41.1 Črevné nematoda 3.41.2 Tkanivové nematoda 3.41.3 Filárie 3.42 Parazitické článkonožce (Arthropoda) 3.42.1 Roztoče – acarina 3.42.2 Hmyz – insecta Špeciálna mykológia Zostavil Filip Růžička 3.43 Povrchové a kožní mykózy 3.43.1 Obecná charakteristika 3.43.2 Dermatofyty 3.43.3 Kožní kandidózy 3.43.4 Povrchové mykózy 3.43.5 Diagnostika a terapie kožních a povrchových mykóz 3.44 Kvasinkovité mikromycety 3.44.1 Obecná charakteristika 3.44.2 Rod Candida 3.44.3 Ostatní rody kvasinek 3.45 Rod Pneumocystis 3.46 Podkožné a hĺbkové infekcie vyvolané vláknitými hubami 3.46.1 Mukormykózy 3.46.2 Aspergilózy a iné hyalohýfomykózy 3.46.3 Feohýfomykózy 3.46.4 Mycetómy a chromoblastomykóza 3.47 Původci endemické mykóz, dimorfní mikromycety 3.47.1 Obecná charakteristika 3.47.2 Diagnostika a terapie endemických mykóz 3.47.3 Endemické mykózy a jejich původci Kapitola 4 Ľudský mikrobióm Kapitolu zostavila Katarína ČUROVÁ 4.1 Ľudský mikrobióm – úvod 4.2 Zloženie ľudského mikrobiómu, jeho formovanie a vplyv na zdravie človeka 4.3 Gastrointestinálny mikrobióm 4.3.1 Fyziológia gastrointestinálneho traktu vo vzťahu k mikrobiómu 4.3.2 Zloženie gastrointestinálneho mikrobiómu 4.3.3 Význam gastrointestinálneho mikrobiómu 4.3.4 Gastrointestinálny mikrobióm a ochorenia 4.4 Orálny mikrobióm 4.4.1 Fyziológia ústnej dutiny vo vzťahu k mikrobiómu 4.4.2 Zloženie orálneho mikrobiómu 4.4.3 Význam orálneho mikrobiómu 4.4.4 Orálny mikrobióm a ochorenia 4.5 Respiračný mikrobióm 4.5.1 Fyziológia dýchacích ciest vo vzťahu k mikrobiómu 4.5.2 Zloženie respiračného mikrobiómu 4.5.3 Význam respiračného mikrobiómu 4.5.4 Respiračný mikrobióm a ochorenia 4.6 Kožný mikrobióm 4.6.1 Fyziológia kože vo vzťahu k mikrobiómu 4.6.2 Zloženie kožného mikrobiómu 4.6.3 Význam kožného mikrobiómu 4.6.4 Kožný mikrobióm a ochorenia 4.7 Urinárny mikrobióm 4.7.1 Fyziológia močových ciest vo vzťahu k mikrobiómu 4.7.2 Zloženie urinárneho mikrobiómu 4.7.3 Význam urinárneho mikrobiómu 4.7.4 Urinárny mikrobióm a ochorenia 4.8 Mikrobióm reprodukčného traktu 4.8.1 Fyziológia reprodukčného traktu vo vzťahu k mikrobiómu 4.8.2 Zloženie mikrobiómu reprodukčného traktu 4.8.3 Význam mikrobiómu reprodukčného traktu 4.8.4 Mikrobióm reprodukčného traktu a ochorenia Kapitola 5 Klinická mikrobiológia Kapitolu zostavila Miroslava HORNIAČKOVÁ 5.1 Infekcie horných dýchacích ciest 5.2 Infekcie dolných dýchacích ciest 5.3 Infekcie srdcovocievneho systému a krvi 5.4 Infekcie centrálneho nervového systému Klinické choroby Mikrobiologická laboratórna diagnostika infekcií CNS 5.5 Infekcie oka Klinické ochorenia 5.6 Infekcie rán, mäkkých tkanív a dutiny brušnej Infekcie rán Špecifické typy infekcií rán Infekcie mäkkých tkanív 5.7 Infekcie kostí a kĺbov Epidemiológia, patogenéza a pôvodcovia infekcií kostí a kĺbov 5.8 Infekcie spôsobené anaeróbnymi baktériami 5.9 Infekcie kože Infekcie kože spôsobené baktériami Infekcie vlasových folikulov Hlboké infekcie kože 5.10 Infekcie ohrozujúce vývoj plodu a novorodenca Fyziológia a štruktúra Patogenéza a imunita Epidemiológia 5.11 Infekcie genitálneho traktu a pohlavne prenosné ochorenia Bakteriálni pôvodcovia infekcií genitálneho traktu Mykoplazmové infekcie Mykotické infekcie genitálneho traktu Infekcie spôsobené vírusmi 5.12 Infekcie močových ciest 5.13 Infekcie gastrointestinálneho traktu, gastoroenteritídy, infekčná hnačka Ezofagitída Gastritída Gastroenteritída, akútna hnačka Vírusové gastroenteritídy a hnačky Bakteriálne gastroenteritídy a hnačky Parazitárne gastroenteritídy a hnačky Dyzentéria Otravy z potravín 5.14 Infekcie pečene a hepatobiliárneho systému Vírusoví pôvodcovia infekcií pečene Mykotické infekcie pečene Infekcie pečene spôsobené parazitmi Infekcie žlčníka a žlčových ciest 5.15 Nozokomiálne infekcie Klinické choroby 5.16 Infekcie u imunosuprimovaných pacientov Infekcie u pacientov s nedostatočnou prirodzenou imunitou pôsobením fyzických faktorov Infekcie spojené so sekundárnym získaným – adaptívnym imunodeficitom Dôležité oportúnne patogény 5.17 Infekcie súvisiace s biofilmom a cudzím telesom Pôvodcovia infekcií spojených s tvorbou biofilmu 5.18 Infekcie zapríčinené biologickou zbraňou Rozdelenie biologických zbraní Biologické agensy proti ľuďom 5.19 Princípy racionálnej antimikrobiálnej liečby Mykotické infekcie Antimykotiká 5.20 Infekcie v dutine ústnej Mikrobiológia ústnej dutiny Orálny mikrobióm Zubný kaz Infekcia zubnej drene Infekcie parodontu Odontogénne infekcie fasciálnych priestorov Osteomyelitída a osteonekróza čeľustí Infekcie slinných žliaz Odontogénna sínusitída Zubné implantáty