1989 byl z pohledu Československé historie velmi pohnutý. Proběhla sametová revoluce a vše se začalo měnit. Pro disidenty a politické vězně k lepšímu, pro komunistické funkcionáře naopak k horšímu. Postupně se mění režim, řeší se nová vláda, majetkové poměry, nové zákony, vše je potřeba přizpůsobit přechodu k demokratickému fungování státu. Příběh filmu Amnestie začíná už za socialismu, kdy je z vězení propuštěn budoucí prezident Václav Havel. V roce 1990 udělí rozsáhlé amnestie, které se však netýkají těžkých zločinců v leopoldovské věznici. Ti se proto bouří a celou věznici obsadí na téměř dva týdny...