Ján Lakota začal pracovať v laboratóriu biochémie nádorov už ako šestnásťročný. Po ukončení lekárskej fakulty absolvoval ročné pobyty v USA a vo Švédsku. Na Slovensku laboratórne založil program autológnej transplantácie krvotvorných buniek pri liečbe pacientov s niektorými druhmi nádorov. Jeho úspechy si všimla aj televízia CNN. Popísal spontánnu regresiu nádorov, pričom skúma molekulárne mechanizmy daného procesu. V regeneratívnej medicíne pripravuje mezenchýmové kmeňové bunky, ich transplantácia do poškodeného srdca bola prvou takouto transplantáciou na svete. Zaujíma ho hlavne živá príroda. Vo voľnom čase sa venuje geometrii, rúbaniu a píleniu dreva, hĺbaniu nad zákonmi, ktorými sa riadia živé organizmy. Popísal vlny na dreve, ktoré vznikajú pri jeho pílení, a jeho práca bola publikovaná v časopise KVANT ako jediného autora zo Slovenska. Jeho základným kritériom pri hodnotení experimentov a teórií je skepsa. Trvá na tom, že najdôležitejším postulátom pri liečbe pacienta je Primum non nocere – predovšetkým neuškoď.